L'objectif de la Confédération est de disposer à moyen terme un registre national des milieux fontinaux. Le Service-conseil participe activement à atteindre cet objectif en prospectant les objets les plus importants. Nous lançons des campagnes de recensement dans les cantons, les parcs naturels et encadrons ces activités en donnant des recommandations et des bases méthodologiques concrètes. Nous accordons notamment une attention particulière aux biotopes pouvant être classés d’importance nationale.

Nous essayons de coordonner les campagnes de recensement entre les cantons, parcs naturels et autres organisations, et relevons les synergies possibles entre les différents projets.

La méthode développée sur mandat de l'OFEV permet de cartographier et d'évaluer l’état hydrobiologique, structurel et faunistique des milieux fontinaux. 

La « méthode bernoise » permet de localiser rapidement et facilement les milieux fontinaux et a fait ses preuves dans l’utilisation par des non-spécialistes (il n'existe qu'une version allemande).