Geeignete Massnahmen zum Erhalt und zur ökologischen Aufwertung von Quell-Lebensräumen sind beispielsweise der Schutz im Rahmen der Zonenplanung, als Schutzgebiete oder auf der Basis von Vereinbarungen mit Nutzern. Die Umsetzung konkreter Aufwertungsprojekte und Massnahmen liegt in der Zuständigkeit der Kantone. Zur einheitlichen Erfassung und Priorisierung hat das Bundesamt für Umwelt (BAFU) eine Anleitung zur systematischen Erfassung und zur Ermittlung der Bedeutung im Naturschutz erarbeiten lassen. 

Wie Fliessgewässer sollen auch Quell-Lebensräume proaktiv vor Beeinträchtigungen geschützt und aufgewertet werden. Dazu trägt die Beratungsstelle Erfahrungen und technisches Wissen zusammen und macht dieses für alle Anwender verfügbar. Beispiele ökologischer Aufwertungen sind das Auszäunen von Quell-Lebensräumen auf Weideland, der Rückbau von Brunnstuben oder die Offenlegung eindedolter Bachoberläufe. Zudem soll bei Neufassungen von Quellen, wenn immer möglich, eine angemessene Restwassermenge im Quellbach verbleiben.